A criação do curso de graduação em Engenharia Ambiental foi aprovada em setembro de 2009, através da Resolução 34/2009/CONSU. Em março de 2010, foi criado o Núcleo em Engenharia Ambiental (NEAM), através da Portaria do Gabinete do Reitor N⁰ 626/2010, como uma unidade acadêmica para efetivar a implantação do curso, que se iniciou no mesmo mês. Em julho de 2013, através da Resolução 31/2013/CONSU, diante da necessidade de adequação da nomenclatura do curso ao Sistema E-MEC, o curso passou a ser chamar Engenharia Ambiental e Sanitária, com o grau de bacharel tendo a mesma denominação.

No início do curso, em 2010, nenhum docente era lotado no NEAM, sendo o Núcleo constituído por professores de outros Departamentos. O Prof. Dr. Antônio Lázaro Ferreira Santos foi o primeiro professor lotado no NEAM, em novembro de 2011, passando a ser coordenador do Núcleo em abril de 2012. Devido ao Programa REUNI, 9 vagas foram concedidas ao NEAM, através da Portaria 2594, de setembro de 2012. A partir daí, alguns docentes migraram de outros Departamentos para o NEAM, dentre eles os prof. André Luis Dantas Ramos e José Jailton Marques, do Departamento de Engenharia Química, que já eram membros do Conselho de NEAM; a prof. Daniella Rocha, do Núcleo de Arquitetura e Urbanismo e a prof. Rosemeri Melo e Souza, do Departamento de Geografia. Concursos foram abertos para o preenchimento das vagas remanescentes, tendo sido aprovados os docentes Bruno Santos Souza, Joel Alonso Palomino Romero, Andrea Novelli e Jefferson Arlen Freitas. Recentemente dois concursos públicos foram realizados, um na área de Geociências e outro em Saneamento, ambos com candidatos aprovados. Quando estes forem contratados, o Corpo Docente estará completo e o Núcleo reinvidicará a sua transformação em Departamento.

O projeto pedagógico do curso foi recentemente reformulado, passando a vigorar a partir do segundo semestre de 2015.